世界最高水準のエピゲノム解析

エピゲノム研究デザインから論文化・製品化までのハンズオンサポート

エピゲノム専門の解析チームが、エピゲノム研究のデザインから、実験・情報解析、論文化や製品化までをハンズオンでサポートします。2017年から2018年にかけて38件のエピゲノム研究プロジェクトをサポートし、そのうち3本が論文化されました。研究プロジェクトごとの目的や予算、期間に応じて最適なプランをご提案し、エピゲノム研究開発の成功をサポートします。

エピゲノム研究開発サポートプラン
プラン2回/月4回/月6回/月8回/月
コンサルティングのみ20万円36万円48万円56万円
コンサルティング + 解析30万円56万円78万円96万円

※ アカデミック価格は上記より30%の割引となります。

エピゲノム研究開発サポートの実例紹介

論文タイトル:Dynamically and epigenetically coordinated GATA/ETS/SOX transcription factor expression is indispensable for endothelial cell differentiation.

出版ジャーナル:Nucleic Acids Res. 2017 May 5;45(8):4344-4358. doi: 10.1093/nar/gkx159.

概要:血管新生におけるエピゲノム制御機序を明らかにすることを目的とし、ES細胞からVEGF刺激により血管内皮細胞が形成される系において、RNA-seqおよびChIP-seqデータを解析し主要な役割を果たす転写因子を絞り込み、実験的に検証することで各転写因子の個別の機能とそれらの共同的な作用を明らかにしました。

サポート内容:エピゲノム解析のデザインおよび情報解析、論文の図版作成を行いました。

トランスクリプトーム解析

遺伝子の発現量(主にRNA−seqデータ)を解析することで、特定の細胞状態を規定し、細胞の状態維持・変化に関わる遺伝子を絞り込むことが可能です。遺伝子発現量はFKPM(fragments per kilobase of exon per million mapped reads)やリードカウントで評価します。どのような値を用いて評価するかは、実験のプロトコルや目的により異なります。さらにRNA-seqデータを用いることで、non-coding RNAの絞り込み、体細胞変異や生殖細胞突然変異の特定、スプライシングバリアントを予測することが可能です。

RNA-seq実験・解析プラン
プラン納期価格/サンプル
(1~4サンプル)
価格/サンプル
(5~12サンプル)
価格/サンプル
(13~24サンプル)
価格/サンプル
(25サンプル以上)
RNA-seq実験 + 解析8〜10週間26万円24万円22万円20万円
RNA-seq実験のみ8〜10週間24万円22万円20万円18万円
RNA-seq解析のみ2週間10万円8万円6万円4万円

オープンクロマチン解析

ATAC-seqやDNase-seq、FAIRE-seqといった手法を用いることで、ゲノムワイドにオープンクロマチン領域を予測することが可能です。転写因子が結合するゲノム領域はヌクレオソームフリーになっていることが知られています。すなわち、特定の細胞におけるオープンクロマチン領域を解析することで、主要な役割を果たす転写因子を絞り込めます。オープンクロマチン領域は、特定の細胞で特異的または複数の細胞で共通に分類され、その中で更にエンハンサーやプロモーターといった機能により分類されます。細胞特異的な役割を果たす転写因子はエンハンサーに結合することが知られ、細胞特異的なエンハンサーサイトの結合モチーフ解析を行うことで転写因子の予測が可能です。さらにATAC-seqおよびDNase-seqでは、転写因子の結合する局所的な領域は酵素反応を受けない性質により、転写因子の結合領域を1bpレベルで予測するフットプリント解析が可能です。

ATAC-seq実験・解析プラン
プラン納期価格/サンプル
(1~4サンプル)
価格/サンプル
(5~12サンプル)
価格/サンプル
(13~24サンプル)
価格/サンプル
(25サンプル以上)
ATAC-seq実験 + 解析8〜10週間50万円45万円42万円40万円
ATAC-seq実験のみ8〜10週間35万円30万円27万円25万円
ATAC-seq解析のみ2週間20万円15万円12万円10万円

※ 受入れサンプルの状態は培養細胞と組織で異なります、お問い合わせ時にサンプルの種類をお伝え下さい。

※ ご予算に応じて適切な規模での解析をご提案させていただきますので、お気軽にご相談ください。

ゲノムワイド相互作用解析

HiCやChIA-PETといった手法を用いることでゲノムワイドなクロマチンの相互作用を検出することが可能です。遺伝子の発現はエンハンサーとプロモーターの相互作用により制御されていることが知られており、その組み合わせはゲノムの3次元構造により規定されています。エンハンサーやプロモーターが相互作用可能な基本構造単位は、topology associating domain(TAD)と呼ばれます。HiCやChIA-PETは細胞特異的なTADの位置や範囲を明らかにし、よりデータを解像度を上げていくことでエンハンサーとプロモーターの組み合わせを予測することも可能です。解析費用はデータ数と目的により異なるため、お問い合わせにてご確認ください。

論文図版制作

Rhelixaホームページで使用されている画像及び図版はすべて、オリジナルで制作したものです。ジャーナルや用途に合わせ、専用の図版を作成します。制作費用はサイズやデザインにより異なるため、お問い合わせにてご確認ください。