次世代DNA・RNAシーケンシング

「短納期」「リーゾナブル」「カスタマイズ」の次世代DNA・RNAシーケンシング

次世代シーケンサーを用いた全ゲノムレベルでのゲノムやエピゲノム、メタゲノム解析により、事前情報・知識のない状況でも、特定の体質や細胞、環境状態を生み出す上で重要な遺伝子やゲノム領域、微生物を絞り込み、その機能までを予測することが可能です。弊社のDNA・RNAシーケンシングサービスは、「短納期」「リーゾナブル」「カスタマイズ」の3つのコンセプトに基づき、様々な場面において次世代シーケンサーを用いた研究・製品開発をサポートします。

プラン納期価格/run最大リード数リード長データ量主な用途
PE-LR-10015営業日 ※120万円 ※2,3800万150bp pair-end2.1~2.4Gb16S rRNA 系統解析
(4~48サンプル)
SE-SR-10015営業日25万円2,500万75bp single-end1.65~1.875GbChIP-seq QC ※4
MBD-seq QC
PE-SR-10015営業日30万円2,500万75bp pair-end3.3~3.75GbRNA-seq QC
Targeted/Small RNA-seq
PE-LR-10025営業日40万円2,500万150bp pair-end6.6~7.5Gb16S rRNA 系統解析
(48~96サンプル)
ターゲットリシーケンシング

※1 5営業日内でのシーケンシング注文につきましては、お問い合わせの際にお申し付けください。※2 5営業日内でのシーケンシングの場合、設定価格の10~30%の追加費用をいただくことがあります。※3 ライブラリ調整済みサンプル(Illuminaシーケンシングアダプターが付加)に対してシーケンシングを行った場合の設定価格です。ライブラリが未調整の場合、サンプルにつき2万円の追加処理費用をいただきます。※4 QC: Quality Check(クオリティチェック)の略

ChIP-seqやRNA-seq、その他のゲノム・エピゲノムデータにおいて、ディープシーケンシング前のゲノムワイドなクオリティチェックを行います。ゲノムワイド・クオリティチェックによって、確度の高いサンプルを選別し、ディープシーケンシングの適切なリード数を見積もることが可能です。

(ゲノムワイド・クオリティチェックの費用は、各プランのデフォルト価格に含まれます。)

リード濃縮のクオリティチェックと、リード数補正による仮想ディープシーケンシングデータの生成・評価

全リード数、PCR duplicates 由来のリード重複率、ピーク領域数、ピーク領域におけるリード濃縮率を総合的に評価します。

NGSライブラリ調整の個別プラン

NGSライブラリの調整に向け、サンプルに含まれるDNAの量・サイズ分布を計測します。

計測方法納期価格/サンプル
(12サンプルまで)
価格/サンプル
(13-24サンプル)
価格/サンプル
(25-48サンプル)
価格/サンプル
(49-96サンプル)
Thermo Fisher Scientific社
Qubit® 3.0 フルオロメーター
+ 電気泳動
3営業日3,000円2,500円2,000円1,500円
Agilent社
2100 バイオアナライザー
3営業日1,800円1,500円1,200円900円

腫瘍プロファイリング・ターゲットリシーケンス

特定遺伝子・ゲノム領域に対象を絞ることで、効率的かつ安価に癌やその他の疾患のドライバー変異・多型を予測することが可能です。研究開発だけでなく、臨床の現場でも幅広くご利用いただけます。

※()内のサンプル数に満たない場合は、別途ご相談ください。

プラン納期価格/サンプル解析概要
腫瘍プロファイリング10営業日8万円
(8サンプルより)
癌関連15遺伝子(AKT1, GNA11, NRAS, BRAF, GNAQ, PDGFRA, EGFR, KIT, PIK3CA, ERBB2, KRAS, RET, FOXL2, MET, TP53)にターゲットを絞ったDNAシーケンシング。
ターゲットリシーケンシング10営業日15万円
(3サンプルより)
疾患関連4,813遺伝子にターゲットを絞ったDNAシーケンシング。カスタムのターゲットシーケンシングパネルによるユーザー指定領域のDNAシーケンシング。

ターゲット遺伝子, small RNAの発現解析

特定遺伝子に対象を絞ることで、主に癌や疾患に関わる遺伝子発現パターンを効率的かつ安価に予測することが可能です。その他、疾患の新たな分子マーカーとして注目されているmicroRNAを発現パターンを網羅的に解析し、その絞り込みを行います。

※()内のサンプル数に満たない場合は、別途ご相談ください。

プラン納期価格/サンプル解析概要
Targeted RNA-seq10営業日6万円
(8サンプルより)
専用パネルを用いた特定遺伝子の発現定量解析。 アポトーシス, NFkBパスウェイ, P450パスウェイ, P53パスウェイ, 幹細胞, Wntパスウェイ, 心毒性, 細胞周期, ヘッジホッグパスウェイ, 神経変性に関わる50~100遺伝子を対象。
Small RNA-seq10営業日10万円
(4サンプルより)
microRNA(miRNA)などのsmall RNA(17~34bpの1本鎖の非コーディングRNA)の網羅的な発現定量解析。専用データベースを検索し、アノテーション・バリアント情報を統合。

ATAC-seq実験・情報解析

ATAC-seqを用いることで、ゲノムワイドにオープンクロマチン領域を特定し、その状態維持・変化に関わる転写制御因子とその作用メカニズムを予測することが可能です。ATAC-seqではTn5 transposaseを作用させることで、オープンクロマチンDNAの断片化とシーケンシングアダプターの付加を同時に行います。それにより、少量のサンプル(5×10^4以上)からでも実験・情報解析が可能です。

※ATAC-seqの概要は「情報解析」のページに記載

プラン納期価格/サンプル
(2サンプル)※2
価格/サンプル
(4サンプル)
価格/サンプル
(6サンプル)
価格/サンプル
(8サンプル)
価格/サンプル
(10サンプル以上)
ATAC-seq実験・情報解析(結合モチーフ解析まで)※13〜4週間55万円50万円45万円40万円35万円
サンプル間比較解析10営業日15万円10万円10万円5万円5万円
RNA-seqデータ統合解析10営業日15万円10万円10万円5万円5万円

※1 サンプルは5×10^4以上の細胞をペレットの状態で承ります。

※2 弊社では、各サンプルに対してN=2の実験・情報解析を推奨しています。

RNA-seq実験・情報解析

RNA-seqを用いることで、細胞・組織における全遺伝子の発現量を網羅的に計測することが可能です。情報解析にはDESeq2(Genome Biology, 15, pp. 550. doi: 10.1186/s13059-014-0550-8.)を用い、サンプル間比較から標的遺伝子の絞り込みまで幅広く対応します。新規データに加え、既存またはENCODE ProjectやEpigenome Roadmap Projectの公共データベースに保存されているデータを合わせた比較解析も可能です。

※トータルRNAの状態(サンプル量4μg以上、濃度100ng/μl以上)より承ります。

※データ解析の詳細については「情報解析」のページに記載

プラン納期価格/サンプル
(2サンプル)
価格/サンプル
(4サンプル)
価格/サンプル
(6サンプル)
価格/サンプル
(8サンプル)
価格/サンプル
(10サンプル以上)
RNA-seq実験・情報解析2〜3週間28万円24万円20万円18万円17万円

生体・環境・食品中の微生物DNA網羅解析

「短納期」「一気通貫」「独自解析プラットフォーム」の微生物DNA網羅解析

微生物DNA網羅解析(下記の「16S rRNA系統解析」)により、特定の状態維持・変化に関わる微生物の絞り込みが可能です。土壌、水中、腸内、食品サンプルからのDNA抽出、16S rRNAアンプリコンの生成・シーケンシング、微生物叢のクラスタリング、ターゲット微生物の絞り込みまでを一気通貫で承ります。更に、独自の解析プラットフォームにより細菌叢分布とメタデータを統合することで、マクロな現象との新たな結びつきを特定することが可能です。

試料タイプ ※1納期価格/サンプル
(4サンプル)※2
価格/サンプル
(5~12サンプル)
価格/サンプル
(13~24サンプル)
価格/サンプル
(25~48サンプル)
価格/サンプル
(49~96サンプル)
土壌10営業日12万円8万円5万円4万円2万円
水・溶液10営業日12万円8万円5万円4万円2万円
食品10営業日12万円8万円5万円4万円2万円
糞便10営業日12万円8万円5万円4万円2万円

※1 必要量はサンプルによって異なります、詳細は弊社・解析受託窓口までお問い合わせください。※2 サンプル数が4を満たない際は、受託をお断りする場合があります。

16S rRNA系統解析の概要

微生物が共通に持つ16S rRNA(リボソームの小サブユニット)のコード領域の配列パターン多様性を網羅的に系統解析し、サンプル中の微生物叢分布を明らかにします。

※V1-V3、V3-V4領域をターゲットとした系統解析も対応可能です。

独自アルゴリズムにより標的微生物の絞り込み・機械学習を用いた統合解析

専用解析プログラムQIIMEによる系統解析に続き、独自の計算アルゴリズムを用いたクラスタリング解析およびクラス特異的な微生物の絞り込みを行います。更に、 Deep Learning法に基づいた専用解析により、16S rRNA系統解析の結果とその他のメタデータ(サンプリング条件や処理方法、その他の測定データ)を統合的に解析し、微生物叢の変化とよりマクロな現象の間にある関係性を明らかにします。