NGSゲノム・エピゲノム解析用プラットフォーム

弊社では、利用者の使用環境に合わせた最適なNGSゲノム・エピゲノム解析用のプラットフォームを提供しております。必要に応じて、機能を制限または追加するといったカスタマイズも可能です。専門スタッフによるヒアリングの後、最適な解析プラットフォームをご提案させていただきます。

クラウド解析システム

高度の情報科学的な操作を行わず、ゲノム・エピゲノム解析をやってみたい。計算サーバーを置くことは出来ないため外部のコンピューターを利用し、データの保存・解析を行いたい。そのような思いをお持ちの皆様に最適なサービスが、こちらのNGSゲノム・エピゲノム解析用クラウドシステムです。どこからでも使用でき、保守・管理のオペレーションを気にする必要がありません。弊社では、NGSゲノム・エピゲノム解析に特化した様々なプログラムを取り揃えたクラウド計算システムをお求めやすい価格で提供しております。

NGSゲノム・エピゲノム解析用Webシステム PEAKSv1.1

本Webシステム「PEAKSv1.1」では、NGSゲノム・エピゲノム解析に必要なプログラムのインストールといった処理を一切必要とせず、簡単な操作だけで用途にあった解析が可能です。PEAKSv1.1ではすべてのプログラムが3クリック以内で操作可能であることから、多くのゲノム生物学者の方々を中心にご利用いただいております。現在、利用可能はプログラムは以下の10点があります。

  1. comparePeakSetsDouble:2つのピークセット間で共通・特異的な領域を抽出
  2. comparePeakSetsTriple:3つのピークセット間で共通・特異的な領域を抽出
  3. adjustPeakWidth:ピークセットの各領域を固定幅に変更(ピーク中心を基準)
  4. assignProximalGenes:ピークセットの各領域を近傍遺伝子に割り当て
  5. extractPwmInstances:転写因子の結合モチーフに該当する領域を抽出
  6. computePeakDistTSS:ピークセットにおけるTSS周りの出現頻度分布を計算
  7. computePeakDistGenomeWide:ピークセットにおけるゲノムワイドな出現頻度分布を計算
  8. evaluateCoLocalization:ピークセット間の共局在割合を評価
  9. evaluatePwmCoLocalization:転写因子結合モチーフ間の共局在割合を評価

情報解析者用クラウドシステム

NGSデータの情報解析を導入する上で、まずはテスト環境での操作を確認したい。解析データ量・数が膨大であるため、外部の大規模コンピューターを利用したい。弊社の開発した情報解析者用クラウドシステムでは、各種解析プログラムの面倒なインストールを一切必要とせず、すぐに多様な情報解析を進めることが可能です。必要なスペックに応じて、最適なクラウド解析システムをご提供させていただきます。

NGSデータ解析用サーバー構築

ベースコールから始まりデータの高次解析・解釈までを行うには、様々なプログラムによるデータ処理を組み合わせる必要があります。弊社の開発したNGSゲノム・エピゲノム解析専用の計算サーバーでは、解析に必要な一連のプログラムが用意されており、複雑なオペレーションを必要とせず一括で解析を行うことが可能です。必要に応じて、専門の解析スタッフによる出張メンテナンス・解析も承っております。

NGSデータ専用可視化ブラウザ

NGSより特定されたDNA断片がどのような場所にどのくらい濃縮されているのかを確認する上で、ゲノム・エピゲノムデータの専用ブラウザが有用です。特定の遺伝子との位置関係を明らかにし、その間の制御関係を予測することが可能です。公開されている異生物間保存度、ゲノム領域間相互作用、オープンクロマチン領域といったデータを同時に比較することで、より詳細な役割・機能が明らかとなります。