イルミナ社クラウドシステム「BaseSpace Sequence Hub」上で独自アプリケーション「PEAKS.motif」のテスト稼働を開始

Rhelixaは次世代シーケンサーの製造および供給のリーディングカンパニーであるイルミナ社が運用するクラウドシステム「BaseSpace Sequence Hub」上に、独自のエピゲノム解析パイプラン「PEAKS.motif」を実装し(※詳細は下記)、テスト運用を開始しました。実稼働に向け、多くの方のご意見を募集しています。本パイプライン「PEAKS.motif」は、BaseSpace Sequence Hub上のテストエリアにあり、弊社からの招待制となります。テスト稼働期間中の使用料は無料となっていますので、ご興味のある方はinfo@rhelixa.comまでご連絡ください。

※PEAKS.motifはオープンクロマチン領域をゲノムワイドに予測する実験手法ATAC-seqより得られたデータを解析するためのパイプラインとして、BaseSpace Sequence Hub上の初めてのアプリケーションになります。細胞特異的なオープンクロマチンの配列解析を行い、主要な働きを示す転写因子の絞り込みを行います。

Rhelixa has implemented a novel epigenome analysis pipeline “PEAKS.motif” on the cloud system “BaseSpace Sequence Hub ” operated by Illumina, a leading manufacturer and supplier of next-generation sequencing systems (* detailed below). We have started our test operation, and we are looking for comments from many users for the actual operation. “PEAKS.motif” is not in public apps in BaseSpace Sequence Hub and we will send the invitation to the users who are interested. During the test operation period there will be no charges, so if you are interested please contact info@rhelixa.com.

* This analysis pipeline is the first application on BaseSpace Sequence Hub, as a pipeline for analyzing data obtained from the experimental method ATAC-seq which predicts the open chromatin region genome-wide. This will analyze the sequence of cell-specific open chromatin and predict the transcription factors that show major functions.

 

PEAKS.motif on BaseSpace

 

BaseSpace Sequence Hubへのアクセスはこちらから:BaseSpace – Illumina



— Decoding Life, Creating Future —

エピゲノムで生き物のあたり前を超えていく

Rhelixaはコアコンピタンスであるエピゲノム解析技術を応用し、ソフトウェアや検査技術の開発、それぞれの目的に応じた研究開発のサポートを行っています。

効率的かつ効果的なエピゲノム解析を実現する上で、網羅的な大規模遺伝情報の取得が必要になります。その際、最先端のゲノム配列決定装置である次世代シーケンサーが欠かせません。Rhelixaでは次世代シーケンサーを使用するための専門のラボ、人材、ノウハウが揃っており、更にそれより得られたデータを解析するためのソフトウェア、人材、ノウハウが揃っています。