最高水準のエピゲノム解析

エピゲノム研究デザインから論文化・製品化までのハンズオンサポート

エピゲノム専門の解析チームが、エピゲノム研究のデザインから、実験・情報解析、論文化や製品化までをハンズオンでサポートします。2017年から2018年にかけて38件のエピゲノム研究プロジェクトに参画し、そのうち3本が論文化されました。研究プロジェクトごとの目的や予算、期間に応じて最適なプランをご提案し、エピゲノム研究開発の成功に導きます。Rhelixaの解析はデータの取得や解析だけに留まらず、解釈やその後のプランニングまでを合わせてサポートします。

エピゲノム研究開発サポートプラン
プラン2回/月4回/月6回/月8回/月
ディスカッション + 解析30万円56万円78万円96万円

※ アカデミック価格は上記より30%の割引となります。

エピゲノム研究開発サポートの実例紹介

論文タイトル:Dynamically and epigenetically coordinated GATA/ETS/SOX transcription factor expression is indispensable for endothelial cell differentiation.

出版ジャーナル:Nucleic Acids Res. 2017 May 5;45(8):4344-4358. doi: 10.1093/nar/gkx159.

概要:血管新生におけるエピゲノム制御機序を明らかにすることを目的とし、ES細胞からVEGF刺激により血管内皮細胞が形成される系において、RNA-seqおよびChIP-seqデータを解析し主要な役割を果たす転写因子を絞り込み、実験的に検証することで各転写因子の個別の機能とそれらの共同的な作用を明らかにしました。

サポート内容:エピゲノム解析のデザインおよび情報解析、論文の図版作成を行いました。

トランスクリプトーム解析

RNA-seqより得られた遺伝子の発現量を解析することで、特定の細胞状態を規定し、細胞の状態維持・変化に関わる遺伝子を絞り込むことが可能です。遺伝子発現量はFKPM(fragments per kilobase of exon per million mapped reads)やリードカウントで評価します。どのような値を用いて評価するかは、実験のプロトコルや目的により異なります。さらにRNA-seqデータを用いることで、non-coding RNAの絞り込み、体細胞変異や生殖細胞突然変異の特定、スプライシングバリアントを予測することが可能です。

マイクロアレイではサンプル中のRNAを蛍光標識し、各遺伝子に対して設計されたプローブと結合させ蛍光強度を測ることで発現量を定量化します。RNA-seqデータと同様に特定条件で発現する遺伝子やmicroRNAの絞り込みが可能です。

RNA-seq実験・解析プラン
プラン納期価格/サンプル
(1~4サンプル)
価格/サンプル
(5~12サンプル)
価格/サンプル
(13~24サンプル)
価格/サンプル
(25サンプル以上)
RNA-seq実験 + 解析8〜10週間14万円13万円12万円11万円
RNA-seq実験のみ8〜10週間8万円7万円6万円5万円
RNA-seq解析のみ2週間8万円8万円8万円8万円
マイクロアレイ解析プラン
プラン納期 価格(1サンプルあたり)
マイクロアレイ解析(実験 + 解析)2週間17万円~20万円

オープンクロマチン解析

ATAC-seqやDNase-seq、FAIRE-seqといった手法を用いることで、ゲノムワイドにオープンクロマチン領域を予測することが可能です。転写因子が結合するゲノム領域はヌクレオソームフリーになっていることが知られています。すなわち、特定の細胞におけるオープンクロマチン領域を解析することで、主要な役割を果たす転写因子を絞り込めます。オープンクロマチン領域は、特定の細胞で特異的または複数の細胞で共通に分類され、その中で更にエンハンサーやプロモーターといった機能により分類されます。細胞特異的な役割を果たす転写因子はエンハンサーに結合することが知られ、細胞特異的なエンハンサーサイトの結合モチーフ解析を行うことで転写因子の予測が可能です。さらにATAC-seqおよびDNase-seqでは、転写因子の結合する局所的な領域は酵素反応を受けない性質により、転写因子の結合領域を1bpレベルで予測するフットプリント解析が可能です。

ATAC-seq実験・解析プラン
プラン納期価格/サンプル
(1~4サンプル)
価格/サンプル
(5~12サンプル)
価格/サンプル
(13~24サンプル)
価格/サンプル
(25サンプル以上)
ATAC-seq実験 + 解析8〜10週間40万円38万円36万円34万円
ATAC-seq実験のみ8〜10週間30万円28万円26万円24万円
ATAC-seq解析のみ2週間12万円12万円12万円12万円

※ 受入れサンプルの状態は培養細胞と組織で異なります、お問い合わせ時にサンプルの種類をお伝え下さい。

※ ご予算に応じて適切な規模での解析をご提案させていただきますので、お気軽にご相談ください。

ゲノムワイド相互作用解析

HiCやChIA-PETといった手法を用いることでゲノムワイドなクロマチンの相互作用を検出することが可能です。遺伝子の発現はエンハンサーとプロモーターの相互作用により制御されていることが知られており、その組み合わせはゲノムの3次元構造により規定されています。エンハンサーやプロモーターが相互作用可能な基本構造単位は、topology associating domain(TAD)と呼ばれます。HiCやChIA-PETは細胞特異的なTADの位置や範囲を明らかにし、よりデータを解像度を上げていくことでエンハンサーとプロモーターの組み合わせを予測することも可能です。解析費用はデータ数と目的により異なるため、お問い合わせにてご確認ください。

ゲノムワイドDNAメチル化解析

バイサルファイト処理は、5位がメチル化されていないシトシンをウラシルに置換します。この反応と次世代シーケンシング技術を組み合わせることで、ゲノムワイドかつ1塩基レベルでシトシンのメチル化位置・度合いを予測することが可能です。ゲノムワイドなDNAメチル化解析には大きく、RRBS(reduced representation bisulfite sequencing)とWGBS(whole-genome bisulfite sequencing)の2つの手法があります。RRBSは制限酵素によりCpG部位を切断することで選択的にCpG領域に絞ったDNAメチル化解析を行い、WGBSでは特定の領域を選択することなくDNAメチル化解析を行うことが可能です。WGBSは全ゲノムレベルでの解析が出来るという利点がある一方で、RRBSに比べて多くのリードを読む必要があるためデータの取得により費用がかかります。

条件の異なるDNAメチル化データを比べることにより、条件特異的にDNAメチル化が亢進される領域(遺伝子発現にはネガティブに作用するといわれる)、逆にDNAメチル化が抑制される領域(遺伝子発現にはポジティブに作用するといわれる)を予測することが可能です。

論文図版制作

Rhelixaホームページで使用されている画像及び図版はすべて、オリジナルで制作したものです。ジャーナルや用途に合わせ、専用の図版を作成します。制作費用はサイズやデザインにより異なるため、お問い合わせにてご確認ください。