スクリーニングや遺伝子－分子間相互作用の解析にIPAパスウェイ解析サービス
30日間の読み取り専用ライセンス付き
国内唯一のIPA受託解析サービス
*IPA(Ingenuity® Pathway Analysis )は QIAGEN N.V.社が提供するソフトウェアです
*当社はQIAGEN N.V.社よりライセンスを受けてIPAを用いた受託解析サービスを提供しております
※本サービスは、2025年3月31日をもちましてご提供を終了とさせていただきます。
詳しくは【コチラ】をご覧ください。
研究現場の課題
01
取得したデータの生物学的意義について深掘りしたい
02
パスウェイだけでなく毒性や疾患との関連情報も知りたい
03
自身の解析データに関連する既報文献を網羅的に調査したい
IPA（Ingenuity® PathwayAnalysis）とは
マイクロアレイ・RNA-seq・プロテオーム・メタボロームなど様々な形式のデータから既知のパスウェイ・上流因子・毒性/疾患との関連を探索するためのソフトウェアです。Ph.D.エキスパートが精査した論文の知見をベースに、データに関わる化合物・疾病・毒性・生物学的機能・パスウェイを検索し、詳細な働きや関わる分子を可視化します。
*パスウェイとは、生体内での遺伝子・タンパク質・その他の化合物等の分子間相互作用を「経路」として表現したものです。IPAは世界最大規模のパスウェイデータベースを蓄積しています。
他にも、IPA独自の機能として
関連する文献をスクリーニングし、変動値に基づくマッチ率を算出
自身の解析データとパターンの近似している既知の文献をスクリーニングすることによって、分野横断的に知見を抽出することができます。予想外の疾患や遺伝子における研究と自身の解析データとの結びつきを推定することにより、研究ストラテジーのブラッシュアップ、新たなステージへの研究展開に寄与します。
上流調整因⼦候補の探索
遺伝子群を調節する生体内因子（転写調節因子・生体内タンパク質など）および外的要因因子（薬剤・化学物質など）を抽出します。
参考：Nguyen QH, Pervolarakis N, Blake K, Ma D, Davis RT, James N, Phung AT, Willey E, Kumar R, Jabart E, Driver I, Rock J, Goga A, Khan SA, Lawson DA, Werb Z, Kessenbrock K. Profiling human breast epithelial cells using single cell RNA sequencing identifies cell diversity. Nat Commun. 2018 May 23;9(1):2028.
パスウェイ・機能/疾患・上流調整因⼦の活性予測
遺伝子発現の変化によってどのような機能が亢進/低下しているかなど、遺伝子群を調節する上流調節因子や、遺伝子発現の変化によってもたらされる生物学的な機能/疾患の制御の方向性・程度を予測します。
参考：Qu Y, Zhou B, Yang W, Han B, Yu-Rice Y, Gao B, Johnson J, Svendsen CN, Freeman MR, Giuliano AE, Sareen D, Cui X. Transcriptome and proteome characterization of surface ectoderm cells differentiated from human iPSCs. Sci Rep. 2016 Aug 23;6:32007.
IPAのデータベース
Ph.Dエキスパートによって精査された世界最大規模のデータベース
Ingenuity® Expert Findings
キュレーターにより論文やトップジャーナルの全文を読んで得られた、実験的に証明されている知見
Ingenuity® ExpertAssist Findings
幅広いジャーナルを対象に論文のアブストラクトをコンピュータで読み込み、エキスパートによって精査された知見
Ingenuity® Expert Knowledge
Ingenuity Systems社がモデル化したシグナリングパスウェイ・メタボリックパスウェイ・医薬品/ターゲット分子/疾病の関係・毒性のリスト
Ingenuity® Supported Third Party Information
厳選された公共データベースを由来とする化合物・タンパク質・遺伝子・複合体・細胞・細胞内小器官・組織・医薬品・細胞プロセス・疾病・臨床表現型などの情報
サービスの特長
30日間の読み取り
専用ライセンス付与
お客様ご自身でIPAを利用し、可視化されたFigureデータを確認いただけます（論文利用可能）。
短納期
（最短5営業日）
変動値データの受領から最短5営業日で解析結果とIPA読み取り専用ライセンスを納品します。
専門研究員による
無料の事前相談
ご研究に関する情報をヒアリングし、IPA解析が有効であるか否かディスカッションいたします。
①解析結果 .xlsxファイル、②IPA読み取り専用ライセンスを納品
解析デモデータはこちら解析データ例
Regulator Effects
インプットデータの上流因子がインプットデータの分子を介して機能や疾患といった表現形にどのような影響を与えるかを予測する解析です。
Disease&Function
インプットデータとIPAが独自に構築したオントロジーとの関連性を解析します。
Tox Lists
インプットデータとIPAに登録されたToxListとの関連性を示す解析です。
Tox Functions
インプットデータとIPAが独自に構築した毒性のオントロジーとの関連性を示す解析です。
Analysis Match
過去の文献との関連度を解析した結果となります。関連度の高い文献で使用されたサンプルの組織や疾患名、GEOのURL等を得ることができます。
Canonical Pathway
インプットデータと既知のパスウェイを比較し、p-valueの低いパスウェイを抽出する解析です。
Upstream Analysis
インプットデータとその上流の調節因子を探索し、当該因子の発現変動をデータセットの遺伝子発現変動から予測する解析です。
Casual Networks
入力された遺伝子群の上流にあるマスター調節因子の探索や、マスター調節因子が疾患や生物学的機能に与える影響を解析します。
Networks
インプットデータとIPAが独自に構築した疾患および生物学的意義のオントロジーを構成する遺伝子のネットワーク（パスウェイ）を比較し、p-valueの低いパスウェイを抽出する解析です。
miRNA target filter
microRNA のターゲット mRNA 情報を探索します。
サービスプラン
アカデミア価格
¥200,000/2群1比較
インダストリー価格
¥360,000/2群1比較
※サンプル数によらず2群1比較ごとの価格です
| 納期 | データ受領より10営業日 |
|---|---|
| 受入データ | 群間比較後の変動値を示す表データ |
アカデミア価格
¥280,000/2群1比較
インダストリー価格
¥440,000/2群1比較
※サンプル数によらず2群1比較ごとの価格です
| 納期 | データ受領より20営業日 |
|---|---|
| 受入データ | 定量値を示す表データ |
アカデミア価格
お問い合わせ
インダストリー価格
お問い合わせ
※IPA解析に必要な比較解析を当社で実施します
| 納期 | データ受領より20営業日 |
|---|---|
| 受入データ | データ取得後の生データ(fastq等) |
Figureデータ ダウンロードオプション
読み取り専用ライセンスで閲覧できるFigureデータについては、pngファイルでの納品も可能です
¥30,000/1Figure（税抜）
サービスの流れ
よくある質問
読取り専用ライセンスは複数のユーザーで利用できますか？
1ライセンスにつき1ユーザー（1アカウント）のみ登録が可能です。1アカウントにつきログイン可能なPCは最大3台までとなります。
受け入れデータ量の制限はありますか？
IPA解析に利用できるCSV, Excelファイルの行数上限は15万行までとなります。
変動値データと定量値データの違いは何ですか？
変動値データとは、サンプル群間で有意差のある変動値（Log2FCの値など）を指します。定量値データとは、各サンプルごとに得られた遺伝子やタンパク質、代謝産物の量的データを指します。定量値データ受け入れプランにてご依頼頂いた場合は、お客様にご相談の上、閾値を設定し、変動値を当社で算出した後にIPA解析を実施いたします。
N数やサンプル数で価格は変わりますか?
群比較データ受入プラン/定量値データ受入プランの場合、2群1比較ごとの価格となりますので、N数や総サンプル数によらず価格は変わりません。
生データ受入プランの場合、サンプル毎のデータ解析作業が必要となりますので、別途お見積いたします。