RIAS Visualizationの活用方法

遺伝子リストファイル

Heatmap を特定の遺伝子のみで描画する方法

シーケンスデータを元にHeatmapを描画した際に、「見たい遺伝子が既に決まっている」や「不要な遺伝子を省いてHeatmapを描画したい」などと思われたことはありませんか？


そんな時は、Heatmapモジュールに用意しております『 Gene Selection Tool 』をご使用いただくか、描画したい遺伝子が記載されている『 遺伝子リストファイル 』 を作成していただき、Heatmapモジュールの遺伝子リストファイルパラメータに作成いただいた「遺伝子リストファイル」を選択してグラフ作成していただくことでグラフに表示する遺伝子を絞り込むことが可能です。

※「 Gene Selection Tool 」の使用方法に関しましてはマニュアルをご参照ください。

遺伝子リストファイルの作成方法

  • STEP 1

    Microsoft Excel等を起動

    お手元のPCでMicrosoft Excel (あるいはGoogle Spread Sheet など)を起動し、
    新規の空白のブックを開きます。

  • STEP 2

    データの入力

    ＜作成例＞


    ・A1セルには「Gene_Symbol」と入力して下さい。

    ・A2セル以降はメインファイルのデータに記入されている遺伝子名のうち、
    　描画したい遺伝子をgene symbolで入力して下さい。

    ※gene symbol入力時に不要な空白(半角スペース、全角スペース)が入ると
    　正しく表示されませんのでご注意下さい。


    ・ファイル保存時は、ファイル名は半角英数字で設定いただき、
    　ファイル形式はcsv(コンマ区切り)を選択して保存して下さい。

  • STEP 3

    「マイデータ」にアップロード


    作成したファイルを「マイデータ」にアップロードしていただきましたら
    「遺伝子リストファイル」パラメータでご使用可能です。