次世代シーケンス受託解析サービス

WGS
(Whole Genome Sequencing)
(全ゲノムシーケンス)

#01

Overviewサービス概要

『WGS(Whole Genome Sequencing)』は、生物のゲノム全体の塩基配列を網羅的に解読する手法です。 SNV解析、SV解析、CNV解析、ゲノムアセンブル、遺伝子構造予測および遺伝子機能アノテーションなどの解析データをご提供します。

SNV解析ではゲノム全体の塩基配列に対して、1塩基レベルでの変異を検出し、検出した変異のテーブルデータを納品します。 SV解析では、ゲノム上の重複(Duplication)、欠失(Deletion)、逆位(Inversion)、挿入(Insertion)、BND(Breakend)の推定を網羅的に実施し、 また、検出した構造変異に遺伝子情報等のアノテーションを付与します。検出した構造変異をリストアップしたテーブルデータを納品します。 CNV解析では、ゲノム上のコピー数多型を網羅的に検出し、腫瘍サンプルの場合、LOHも併せて解析します。 検出したコピー数多型をリストアップしたテーブルデータに加え、ゲノム上のコピー数変化を可視化した図版を納品します。 ゲノムアセンブルでは取得したシーケンスリードを繋ぎ合わせ、全ゲノム配列を構築します。解析後、構築したゲノム配列の品質評価を行います。 遺伝子構造予測および遺伝子機能アノテーションでは構築したゲノム配列を対象に、遺伝子領域を予測しその機能アノテーションを付与します。 真核生物の場合、RNA-seqデータを使用して精度を向上させることも可能です。 その他公共データと組み合わせた統合解析や指定の図版作成などのオーダーメード解析も承っております。

参考記事

関連メニュー

#02

Planサービスプラン

 

RAW DATA PLAN

RD

生データプラン

取得したraw data(生データ)のみをご納品するプランです。既に解析方針を定められているお客様がご自身でデータ解析を進められることを前提としたプランです。

BASIC PLAN

BS

ベーシック解析プラン

基本的な解析を実施するプランです。ベーシック解析では各サンプルの全ゲノム領域上の変異または多型(SNV 、Indelなど)を検出の上、アノテーションを付与し、表形式でご覧いただけるデータをお渡しします。

*検出される変異または多型の種類としてはSNVs (single-nucleotide variants)/small indels (insertions・deletions)/MNVs (multi-nucleotide variants)/複合的なイベント(composite insertion・substitution events)となります。

STANDARD PLAN

SD

スタンダード解析プランオススメ人気No.1

ベーシックプランの解析内容に加え、ご希望の解析をオプションでお選びいただき実施するプランです。

オプション解析メニュー

*SV=Structural variation(構造変異)

**CNV=Copy number variation(コピー数変異)

ORDER MADE PLAN

OM

オーダーメイド解析プラン

ご研究目的やご要望の図版、参考文献等に応じて、標準サービスメニュー外のカスタム解析を実施します。解析目的・内容の擦り合わせのため、原則としてご依頼前に当社研究員とのWebミーティングが必要です。

#03

Order Exampleご依頼例

ご注文例 プラン リード長 データ量
リード数
参考納期
(サンプル受領日から)
サンプル要件

ご注文例

ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得まで
(サンプル:ヒト)

プラン

生データプラン

リード長

150×2 paired-end
(PE150)

データ量リード数

90 Gb
600.0M reads

参考納期(サンプル受領日から)

4-7週

サンプル要件

ご注文例

ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得まで
(サンプル:細菌・真菌)

プラン

生データプラン

リード長

150×2 paired-end
(PE150)

データ量リード数

1 Gb
6.7M reads

参考納期(サンプル受領日から)

4-7週

サンプル要件

ご注文例

ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得
(サンプル:ヒト)
 +変異または多型の検出

プラン

生データプラン

リード長

150×2 paired-end
(PE150)

データ量リード数

90 Gb
600.0M reads

参考納期(サンプル受領日から)

6-9週

サンプル要件

ご注文例

ライブラリー調製およびシーケンスデータ取得
(サンプル:ヒト)
 +変異または多型の検出
 +変異の絞り込み

プラン

生データプラン

リード長

150×2 paired-end
(PE150)

データ量リード数

90 Gb
600.0M reads

参考納期(サンプル受領日から)

6-9週

サンプル要件

  • ・ オプションでDNA抽出(別途料金)から承ることもできます。
  • ・ データ量はお客様のご希望に応じて変更できますので、お問い合わせください。
  • ・ 参考納期は弊社がサンプルをお預かりした日から起算した週数です。
  • バイオインフォマティクス解析のみでも承っておりますので、お問い合わせください。
#04

Example解析例

SCROLL